中国共产党九十团纪律检查委员会，下设办公室，办公室设在党建办，设纪委副书记1名、纪检专干1名。负责团纪委日常事务，筹备组织重要会议、活动；组织起草团纪委有关文件文稿；督促检查有关工作部署的落实情况等。

第五师双河市监察委员会派出九十团监察办公室，团纪委书记兼任办公室主任，团纪委副书记、纪检专干兼职监察员。